Die Roggenzüchtung wird in Deutschland von zwei (drei) Züchterhäusern mit ertragsstarken Hybridsorten dominiert. Die Hybridzüchtung ist bei Roggen aber sehr aufwändig und für kleine Züchterhäuser praktisch kaum umsetzbar. Gleichzeitig ist der Züchtungserfolg von Populationssorten, der auch von kleineren Züchtern betrieben werden kann, im Vergleich zu Hybridzüchtung deutlich geringer und dies liegt neben geringeren Investitionen auch an der Zuchtmethodik. Ein Problem der Populationszüchtung war bisher, dass bei der Selektion nur die Nachkommen von Einzelpflanzen (sogenannte Voll- oder Halbgeschwisterfamilien) auf Ertrag getestet werden können und nach der Ertragsschätzung die eigentliche Elternpflanze nicht mehr zum Aufbau einer neuen Population zur Verfügung steht. Stattdessen wird auf Restsaatgut von den Elternpflanzen zurückgegriffen welches auf Grund der hohen Heterozygotie (und Heterogenität) in Populationen nur zu einem (geringen) Anteil mit dem eigentlichen Elterngenotyp übereinstimmt. Unsere vorgeschlagene Zuchtmethodik löst diese Problematik. Über Marker (Genotypsierung) der Einzelpflanzen kann mit der Ertragsschätzung der Nachkommen ein statistisches Model trainiert werden (Trainingsmodel), welches dann die Vorhersage der Ertrages von neuen Pflanzen der gleichen Population und damit die Selektion auf Basis der (tatsächlichen) genombasierten Ebene
ermöglicht (Vorhersagemodel, Prinzip der genomischen Selektion). Die zur erfolgreichen Selektion notwendige präzise Ertragsschätzung erfordert eine hohe Saatgutproduktion der Einzelpflanzen welche durch vegetative Vermehrung und optimierte Ertragsversuche gewährleistet wird. Die Backqualität, ein wichtiger aber schwer bestimmbarer Parameter, soll in dem Projekt weiter untersucht und indirekte bestimmt werden. Außerdem werden diagnostische Marker für die Selbstfertilität bei Roggen entwickelt mit welchen in Populationszüchtungsprogrammen die wichtige Fremdbefruchtung kontrolliert werden kann.